Специфика экологических условий резервата, в частности наличие водно-болотных угодий, древесно-кустарниковых зарослей, степных и каменистых участков, обуславливает высокое разнообразие фауны.

Из всех территорий Приднестровья заповедник находится на первом месте по богатству орнитофауны. Здесь встречается около 200 видов птиц, из которых около 100 видов гнездятся. Из числа редких птиц в резервате наблюдаются: большая белая цапля, черный аист, лебедь-шипун, гоголь, скопа, осоед, черный коршун, большой и малый подорлик, орлан-белохвост, балобан, коростель, сплюшка и др. Следует отметить, что осенью в заповеднике самое высокое птичье разнообразие, так как помимо местных гнездящихся видов здесь появляются еще пролетные северные пернатые, среди которых немало редких и включенных в Красную книгу.

По последним данным на территории заповедника зарегистрировано 24 вида млекопитающих. Хорошие кормовые и защитные условия, отсутствие фактора беспокойства благоприятно влияют на проживание здесь косуль и кабанов, обилие рыбы в заводи привлекает выдру, а старый мост недалеко от конторы заповедника служит домом для многих видов летучих мышей, некоторые из которых редкие: подковонос малый, ночница водяная, вечерница рыжая и другие. Из охраняемых животных на территории резервата так же обитают барсук и европейская лесная кошка. Обычные хищники для заповедника – лисица и куница каменная.

В резервате обитает около 20 видов амфибий и рептилий. Обычны зеленая ящерица, ужи, желтобрюхий полоз, болотная черепаха, квакша, озерная и съедобная лягушки.

Заповедник богат энтомофауной, здесь обитает много редких видов насекомых: жук-олень, ксилокопа, махаон, мнемозина, дриада, лимонница, дневной павлиний глаз, многоцветница, переливница метис, перламутровка-пандора, голубянка дафнис, павлиноглазка грушевая, медведица Гера и др.

«Проект «Экотуристический путеводитель по двум берегам Днестра» реализуется НП «Путник», «Паркуриле вииторулуй» и «Eco-TIRAS» при финансовой̆ поддержке Европейского Союза в рамках Программы ЕС «Меры по укреплению доверия», реализуемой ПРООН Молдова.